Blog

  • Erstes Sauerteigbrot

    Ich probiere gerade aus, wie man ein Sauerteigbrot von Grund auf backt. Dafür habe ich zuerst mein Anstellgut angesetzt: 50 g Roggenmehl und 50 g Wasser in einer Schüssel mit lose aufgelegtem Deckel verrührt und in unseren warmen Technikraum gestellt. Nach 24 Stunden kamen wieder 50 g Roggenmehl und 50 g Wasser dazu, alles verrührt und für weitere 24 Stunden zurück in den Technikraum. Am zweiten Tag habe ich dann 100 g Roggenmehl und 100 g Wasser dazugegeben (um beim Verhältnis 1:1:1 zu bleiben, d. h. der vorhandene Sauerteig sollte der Menge an neuem Mehl und Wasser entsprechen). Am dritten Tag habe ich 200 g der Mischung weggenommen und wieder frisch 100 g Mehl und 100 g Wasser dazugegeben. Das habe ich insgesamt dreimal gemacht. Mit der Zeit fing der Teig an, säuerlich zu riechen, ein bisschen nach Bier mit fruchtiger Note, also gar nicht schlecht. Als es so weit war, habe ich mich an das erste Brot gewagt.

    In der Mittagspause habe ich verrührt:

    • 100 g Sauerteig
    • 300 g Weizenmehl
    • 200 g Roggenmehl
    • 350 ml Wasser
    • 12 g Salz

    und den Teig 30 Minuten ruhen lassen (in einer Schüssel, mit einem Tuch abgedeckt). Dann habe ich ihn grob gefaltet und gezogen und in einen gusseisernen Topf mit bemehltem Boden gelegt. Den habe ich wieder mit einem Tuch abgedeckt und bis zum Abend (etwa 6 Stunden) bei Zimmertemperatur gehen lassen. Dann kam der Teig im Gusseisentopf über Nacht in den Kühlschrank.

    Am nächsten Morgen habe ich den Topf herausgenommen, damit er sich bei Zimmertemperatur etwas aufwärmt (etwa eine Stunde, während des Frühstücks). Dabei habe ich noch etwas Weizenmehl darübergestreut und ein paar Streifen eingeschnitten. Dann habe ich den Ofen auf 230 Grad vorgeheizt und Wasser in den Boden des Ofens gegeben (mein Ofen hat eine eingebaute Wasserschale zum Bedampfen, ein Brotprogramm). Als er die Temperatur erreicht hatte, kam der Topf (ohne Deckel) hinein, und das Brot hat etwa 20 Minuten gebacken. Dann habe ich auf 200 Grad heruntergeschaltet und weitere 25 Minuten gebacken.

    Vom übrigen Anstellgut habe ich noch einmal 100 g weggenommen, sodass 100 g übrig blieben. Dazu kamen wieder 100 g Mehl und 200 g Wasser; das stand dann 3–4 Stunden im Warmen und kam danach in den Kühlschrank.

    Wenn ich nächste Woche backe, will ich am Tag vor dem Backtag 50 g herausnehmen, 50 g Mehl und 50 g Wasser dazugeben und es 24 Stunden aktivieren lassen. Davon nehme ich dann wieder 100 g zum Backen. Den Rest behalte ich im Kühlschrank; wie ich ihn dort frisch und munter halte, muss ich aber noch herausfinden.

  • eggNOG7-Annotationsskript

    Für unsere Metagenomik-Pipeline habe ich auf die Schnelle ein Annotationsskript geschrieben, das hier zu finden ist und vielleicht dem einen oder anderen nützt.

    https://github.com/fischuu/eggnog7_annotator

    Das Tool nimmt Proteinsequenzen aus Genvorhersagen und annotiert sie (im Sinne von: gleicht sie ab) mit bekannten Proteinen, ihren Funktionen und ihrer taxonomischen Herkunft. So bringt es ein wenig Licht in reine Proteinsequenzen.

    Der bisherige eggNOG-Annotator nutzt nur die Datenbankversion 5 und war für Version 6 nicht verfügbar. Jetzt ist eggNOG 7 erschienen, und wir fanden in unserer MetaG-Pipeline-Gruppe, dass ein Annotator für db7 gut wäre. Also haben wir ihn in die Pipeline eingebaut und daraus auch diese eigenständige Version gemacht, die hier verlinkt ist.

  • Kurzer Deutschlandbesuch ist vorbei

    Der kurze Trip nach Deutschland ist schon wieder vorbei; ein Kaffee in Düsseldorf ist inzwischen fast schon Tradition …

  • Felchen in der nördlichen Ostsee besser verstehen

    Ein neuer Artikel, an dem ich mitgewirkt habe, ist in Fisheries Research erschienen.

    Die Studie befasst sich mit der Großen Maräne (Felchen) in der nördlichen Ostsee. Sie kommt dort in zwei Formen, sogenannten Ökotypen, vor: eine, die zwischen Flüssen und Meer wandert (anadrom), und eine, die vollständig im Meer laicht. Beide werden in der Fischerei zusammen gefangen, aber die flusswandernde Form ist gefährdet, während es der im Meer laichenden besser geht.

    Wir haben untersucht, wie man die beiden Formen unterscheiden kann, anhand körperlicher Merkmale und genetischer Daten. Das ist nicht immer einfach: Manche Fische zeigen gemischte Merkmale, wahrscheinlich wegen früherer Besatzmaßnahmen, veränderter Lebensräume oder wechselnder Wandermuster. Außerdem haben wir untersucht, wie Fangtiefe, Jahreszeit und Maschenweite beeinflussen, welche Form gefangen wird. Die Ergebnisse zeigen, dass die Fangpraxis die Zusammensetzung des Fangs stark beeinflussen kann, und dass an Ort und Zeit angepasste Fangregeln helfen könnten, die gefährdete Felchenpopulation zu schützen.

    Der vollständige Artikel ist bei ScienceDirect zu finden:
    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0165783626000019

  • Ausrede fürs Nicht-Laufen

    Heute Morgen hatte ich, glaube ich, eine ziemlich gute Ausrede, auf meinen inneren Schweinehund zu hören und das Laufen ausfallen zu lassen. Bei uns ist es gerade ziemlich kalt.