Ich habe einige Snakemake-Pipelines für verschiedene Anwendungsfälle in der Bioinformatik geschrieben:
Pipeline – GBS, Pipeline für eine Genotyping-by-Sequencing-Analyse
GitHub: fischuu/Pipeline-GBS
Pipeline – Metagenome, Pipeline für eine Metagenom-Analyse, noch nicht stabil.
GitHub: fischuu/Pipeline-Metagenome
Änderungen: changelog.md
Pipeline – MiRNA, Pipeline für eine microRNA-Analyse
GitHub: fischuu/Pipeline-miRNA
Pipeline – RNAseq, Pipeline für eine RNA-seq-Analyse
GitHub: fischuu/Pipeline-RNA-seq
Pipeline – SequencingQC, Qualitätskontrolle für einen NextSeq-Sequenzierlauf
GitHub: fischuu/Pipeline-SequencingQC
Pipeline – WGS, Variant-Calling-Pipeline nach GATK4 Best Practice
GitHub: fischuu/Pipeline-WGS-VariantCalling