Es gibt einige R-Pakete, die ich betreue oder an denen ich mitgewirkt habe:
GenomicTools: Eine lose Sammlung von Werkzeugen zur Analyse von Expressions- und Genotypdaten, derzeit mit Schwerpunkt auf (e)QTL- und MDR-Analysen.
Project: http://genomictools.danielfischer.name
Cran: https://cran.r-project.org/web/packages/GenomicTools/
GitHub: https://github.com/fischuu/GenomicTools/
Publication: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169260716308549
GenomicTools.fileHandler: Eine lose Sammlung von Ein-/Ausgabe-Werkzeugen
Cran: https://cran.r-project.org/web/packages/GenomicTools.fileHandler/index.html
GitHub: https://github.com/fischuu/GenomicTools.fileHandler
GenomicTools.uniprot: Eine lose Sammlung von Werkzeugen für die UniProt-Datenbank
GitHub: https://github.com/fischuu/GenomicTools.uniprot
gMWT: Verallgemeinerte Mann-Whitney-Tests auf Basis probabilistischer Indizes sowie neue Diagnoseplots.
Project: http://gmwt.danielfischer.name
Cran: https://cran.r-project.org/web/packages/gMWT/
GitHub: https://github.com/fischuu/gMWT/
Publication: https://www.jstatsoft.org/article/view/v065i09
hoardeR: Informationsabruf aus den Datenbanken des National Center for Biotechnology Information (NCBI), vor allem um Gene in nicht annotierten Organismen per Blast-Ähnlichkeitssuche in annotierten Organismen zu finden.
Project: http://hoarder.danielfischer.name
Cran: https://cran.r-project.org/web/packages/hoardeR/
GitHub: https://github.com/fischuu/hoardeR/
Luke: Noch eine lose Sammlung hilfreicher, immer wiederkehrender Funktionen.
Project: http://luke.danielfischer.name
GitHub: https://github.com/fischuu/Luke/
OjaNP: Funktionen zur Berechnung des Oja-Medians, der Oja-Vorzeichen und -Ränge sowie darauf aufbauender Methoden.
Project: http://ojanp.danielfischer.name
Cran: https://cran.r-project.org/web/packages/OjaNP/
GitHub: https://github.com/fischuu/OjaNP/
Publication: https://arxiv.org/abs/1606.07620
REPPlab: Eine R-Schnittstelle zu „EPP-lab“ v1.0. „EPP-lab“ ist ein Java-Programm für Projection Pursuit mit genetischen Algorithmen, geschrieben von Alain Berro und S. Larabi Marie-Sainte, und ist im Paket enthalten. Die Quellen von „EPP-lab“ gibt es unter https://github.com/fischuu/EPP-lab.git.
Project: http://repplab.danielfischer.name
Cran: https://cran.r-project.org/web/packages/REPPlab/
GitHub: https://github.com/fischuu/REPPlab/
Publication: https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/03610918.2019.1626880
SnakebiteTools: Ein Paket in einem frühen Stadium, das Werkzeuge zum Analysieren und Überwachen von Snakemake-Läufen sammelt.