Docker

Ylläpidän eri tarkoituksiin muutamia Docker-kontteja. Tässä lyhyt yleiskatsaus siitä, mikä työkalu ja mikä versio on asennettu mihinkin konttiin.

Docker Hub -sivuni (fischuu) löytyy täältä: https://hub.docker.com/u/fischuu

Kontti (uusin versio)TyökaluVersio
fischuu/gbs (0.2)FastQC0.11.9
Trimmomatic0.38
Samtools1.9
htslib (ja Tabix)1.8
BWA0.7.17
PEAR0.9.11
MultiQC1.9
Vsearch2.11.1
Fastx-toolkit0.0.14
bedtools2.28.0
fischuu/minimap2 (2.17-0.2)Minimap22.17
fischuu/cutadapt (2.8-0.2)Cutadapt2.8
fischuu/samtools (1.9-0.1)Samtools1.9
fischuu/bwa (0.7.17-0.1)BWA0.7.17
fischuu/star (2.7.3a-0.1)STAR2.7.3a
fischuu/1kbulls (0.2)FastQC0.11.9
Trimmomatic0.38
BWA0.7.17
Samtools1.8
htslib (ja Tabix)1.8
GATK 3.8-1-0-gf15c1c3ef
Picard2.18.2
R (ja joitakin paketteja)3.6
…