Yleisin Dockerin käyttötapani on seuraava.
1. Minulla on Docker-levykuva, jossa on kaikki tarvitsemani ohjelmistot.
2. Minulla on analysoitavaa dataa isäntäjärjestelmässä.
3. Minulla on bash-skripti, jonka pitää ajaa kontissa tällä datalla.
Oletetaan, että meillä on dataa (esim. FASTQ-tiedostoja) kansiossa ’/home/daniel/Project1/Raw’ ja