ENDE

Kategorie: Wissenschaft

  • eggNOG7-Annotationsskript

    Für unsere Metagenomik-Pipeline habe ich auf die Schnelle ein Annotationsskript geschrieben, das hier zu finden ist und vielleicht dem einen oder anderen nützt.

    https://github.com/fischuu/eggnog7_annotator

    Das Tool nimmt Proteinsequenzen aus Genvorhersagen und annotiert sie (im Sinne von: gleicht sie ab) mit bekannten Proteinen, ihren Funktionen und ihrer taxonomischen Herkunft. So bringt es ein wenig Licht in reine Proteinsequenzen.

    Der bisherige eggNOG-Annotator nutzt nur die Datenbankversion 5 und war für Version 6 nicht verfügbar. Jetzt ist eggNOG 7 erschienen, und wir fanden in unserer MetaG-Pipeline-Gruppe, dass ein Annotator für db7 gut wäre. Also haben wir ihn in die Pipeline eingebaut und daraus auch diese eigenständige Version gemacht, die hier verlinkt ist.

  • Felchen in der nördlichen Ostsee besser verstehen

    Ein neuer Artikel, an dem ich mitgewirkt habe, ist in Fisheries Research erschienen.

    Die Studie befasst sich mit der Großen Maräne (Felchen) in der nördlichen Ostsee. Sie kommt dort in zwei Formen, sogenannten Ökotypen, vor: eine, die zwischen Flüssen und Meer wandert (anadrom), und eine, die vollständig im Meer laicht. Beide werden in der Fischerei zusammen gefangen, aber die flusswandernde Form ist gefährdet, während es der im Meer laichenden besser geht.

    Wir haben untersucht, wie man die beiden Formen unterscheiden kann, anhand körperlicher Merkmale und genetischer Daten. Das ist nicht immer einfach: Manche Fische zeigen gemischte Merkmale, wahrscheinlich wegen früherer Besatzmaßnahmen, veränderter Lebensräume oder wechselnder Wandermuster. Außerdem haben wir untersucht, wie Fangtiefe, Jahreszeit und Maschenweite beeinflussen, welche Form gefangen wird. Die Ergebnisse zeigen, dass die Fangpraxis die Zusammensetzung des Fangs stark beeinflussen kann, und dass an Ort und Zeit angepasste Fangregeln helfen könnten, die gefährdete Felchenpopulation zu schützen.

    Der vollständige Artikel ist bei ScienceDirect zu finden:
    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0165783626000019

  • Genomische Vorhersage für Wiesen-Lieschgras in Finnland

    Wiesen-Lieschgras (Phleum pratense L.) ist ein wichtiges Futtergras für die finnische Landwirtschaft, und Ertrag, Winterhärte und Verdaulichkeit zu verbessern ist entscheidend für eine nachhaltige Produktion. In unserer aktuellen Studie haben wir untersucht, wie sich der Zuchtfortschritt mit genomischer Vorhersage beschleunigen lässt, gestützt auf Genotyping-by-Sequencing und fortgeschrittene statistische Modelle.

    Wichtigste Ergebnisse:
    * Die geschätzten Heritabilitäten reichten von 0,13 (Ertrag beim ersten Schnitt) bis 0,86 (Verdaulichkeit beim zweiten Schnitt).
    * Genetische Korrelationen deuten auf einen Zielkonflikt zwischen Ertrag und Überwinterung hin, aber auf positive Zusammenhänge zwischen den Verdaulichkeitsmerkmalen.
    * Genomische Zuchtwerte wurden mit fortgeschrittenen statistischen Verfahren geschätzt, darunter eine neue Skalierung der genomischen Verwandtschaftsmatrix.
    * Die Vorhersagegenauigkeit erreichte bis zu 0,62 für die Verdaulichkeit, und die Validierung bestätigte eine mittlere Genauigkeit bei geringer Streuung.

    Trotz der Sorge, dass die Genotypqualität die Vorhersagen beeinträchtigen könnte, zeigen unsere Ergebnisse, dass genomische Vorhersage ein starkes Werkzeug für die Lieschgraszüchtung in Finnland bleibt. Die Arbeit zeigt, wie datengetriebene Zuchtstrategien Widerstandsfähigkeit und Qualität von Futterpflanzen verbessern können.

    https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-025-04860-9

  • Neues R-Paket begonnen

    Ich habe gerade ein neues R-Paket namens „SnakebiteTools“ begonnen. Dort möchte ich kleine Hilfsfunktionen sammeln, um Snakemake-Läufe besser zu analysieren und zu überwachen. Die Ausgabe lässt sich später zur Ressourcenoptimierung nutzen, um den Stand eines laufenden Snakemake-Laufs zu prüfen (was bei Läufen mit sehr vielen Jobs unübersichtlich werden kann) usw.

  • Auswahllisten in Excel anlegen

    Auswahllisten in Excel anlegen

    Ich vergesse oft, wie man einfache Auswahllisten (Drop-down-Menüs) in Excel anlegt, also schreibe ich hier eine kurze Notiz. Was ich haben möchte:

    1. In einem Tabellenblatt eine Spalte mit den möglichen Werten für mein Drop-down-Menü, z. B. meine Projektnamen
    2. In einem anderen Blatt in jeder Zelle einer Spalte eine Auswahlliste, mit der ich aus diesen Werten wählen kann.

    Das ist im Prinzip ziemlich einfach:

    Schritt 1: Die Liste auf einem anderen Blatt vorbereiten

    1. Die Excel-Datei öffnen und zu dem Blatt gehen, auf dem die Werte für die Auswahlliste stehen sollen (z. B. Projects).
    2. Die Werte in eine Spalte eintragen (z. B. A1:A10 in Projects).

    Schritt 2: Der Liste einen Namen geben (optional, aber empfohlen)

    1. Den Wertebereich in Projects markieren (z. B. A1:A10 oder die ganze Spalte).
    2. Auf den Reiter Formeln → Namen definieren klicken.
    3. Einen Namen eingeben (z. B. MyProjects) und auf OK klicken.

    Schritt 3: Die Auswahlliste anlegen

    1. Zu dem Blatt gehen, auf dem die Auswahlliste erscheinen soll (z. B. Tasks).
    2. Die Zelle(n) markieren, in denen die Auswahlliste stehen soll.
    3. Auf den Reiter Daten → Datenüberprüfung klicken.
    4. Im Feld Zulassen die Option Liste wählen.
    5. Im Feld Quelle:
      • Wenn der Bereich einen Namen hat: =MyProjects eingeben
      • Wenn nicht: z. B. =Projects!A1:A10 eingeben
    6. Auf OK klicken.

    Steht in der ersten Zeile eine Überschrift (z. B. mit Spaltennamen), möchte man diese Zeile aus den Auswahloptionen herausnehmen. Das geht so:

    Methode 1: Datenüberprüfung aus einer Zelle entfernen (nur Überschrift)

    1. Auf die erste Zelle der Spalte klicken (z. B. A1).
    2. Zum Reiter Daten gehen → Datenüberprüfung klicken.
    3. Im Fenster auf Alle löschen → OK klicken.