Epäonnistunutta R-paketin asennusta ei voinut poistaa

Tänään kohtasin oudon asian, kun yritin asentaa päivitystä yhteen R-paketeistani. Asensin uusimman version tavalliseen tapaan näin

library("devtools")
install_github("fischuu/GenomicTools")

Asennus kuitenkin epäonnistui, ja kun yritin asentaa uudelleen, sain tämän virheilmoituksen:

Installing package into ‘/homeappl/home/<user>/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
ERROR: failed to lock directory ‘/homeappl/home/<user>/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.1’ for modifying
Try removing ‘/homeappl/home/<user>/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.1/00LOCK-GenomicTools’
Warning message:
In i.p(...) :
  installation of package ‘/tmp/Rtmp<...>Lv/file3c36<...>34/GenomicTools_0.2.11.tar.gz’ had non-zero exit status

Menin siis mainittuun hakemistoon poistamaan kansion käsin, ja siellä sain toisen virheen:

rm: cannot remove '00LOCK-GenomicTools/GenomicTools/libs/.nfs00000001002e2<...>d': Device or resource busy

Kokeilin sitä sun tätä, mutta mikään ei auttanut kansion poistamisessa; se vain väitti itsepintaisesti, että laite on varattu. Lopulta auttoi vain kansion uudelleennimeäminen näin

mv 00LOCK-GenomicTools/ 00LOCK-GenomicTools-deleteThis/

Se roikkuu yhä kansiossa, mutta sain R-paketin asennettua uudelleen. Muutaman päivän päästä katson uudestaan, onko laite yhä varattu vai voinko silloin poistaa sen …

, , ,