Kategoria: Luke

  • eggNOG7-annotointiskripti

    Kirjoitin metagenomiikkaputkeamme varten nopeasti annotointiskriptin, joka löytyy täältä ja josta voi olla hyötyä muillekin.

    https://github.com/fischuu/eggnog7_annotator

    Työkalu ottaa geeniennusteista saadut proteiinisekvenssit ja annotoi ne (eli vertaa niitä) tunnettuihin proteiineihin, niiden toimintoihin ja taksonomiseen alkuperään. Näin se tuo vähän valoa pelkkiin proteiinisekvensseihin.

    Nykyinen eggNOG-annotaattori käyttää vain tietokannan versiota 5, eikä sitä ollut saatavilla versiolle 6. Nyt eggNOG 7 on julkaistu, ja MetaG-putkiryhmässämme ajattelimme, että db7-annotaattori olisi hyvä. Lisäsimme sen putkeen ja teimme siitä myös tämän erillisen version, joka on linkitetty tähän.

  • Siikojen ymmärtäminen pohjoisella Itämerellä

    Siikojen ymmärtäminen pohjoisella Itämerellä

    Uusi artikkeli, jossa olin mukana, on julkaistu lehdessä Fisheries Research.

    Tutkimus käsittelee pohjoisen Itämeren siikaa, jota esiintyy kahtena muotona eli ekotyyppinä: toinen vaeltaa jokien ja meren välillä (anadrominen) ja toinen kutee kokonaan meressä. Molempia pyydetään kalastuksessa yhdessä, mutta vaeltava muoto on uhanalainen, kun taas meressä kutevalla muodolla menee paremmin.

    Tutkimme tapoja erottaa nämä kaksi muotoa toisistaan sekä ulkoisten tuntomerkkien että geneettisen aineiston avulla. Se ei aina ole yksinkertaista: joillakin kaloilla on sekalaisia piirteitä, luultavasti aiempien istutusten, elinympäristön muutosten tai vaihtelevien vaellustapojen vuoksi. Tutkimme myös, miten pyyntisyvyys, vuodenaika ja verkon silmäkoko vaikuttavat siihen, kumpaa muotoa saaliiksi saadaan. Tulokset osoittavat, että kalastuskäytännöt voivat vaikuttaa saaliin koostumukseen voimakkaasti, ja paikan ja ajankohdan mukaan säädetyt kalastussäännöt voisivat auttaa suojelemaan uhanalaista siikakantaa.

    Koko artikkeli on luettavissa ScienceDirectissä:
    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0165783626000019

  • Genominen ennustaminen timotein jalostuksessa Suomessa

    Genominen ennustaminen timotein jalostuksessa Suomessa

    Timotei (Phleum pratense L.) on suomalaisen maatalouden tärkeä nurmikasvi, ja sen sadon, talvenkestävyyden ja sulavuuden parantaminen on kestävän tuotannon kannalta ratkaisevaa. Tuoreessa tutkimuksessamme selvitimme, miten genominen ennustaminen voisi nopeuttaa jalostusta hyödyntämällä genotyyppausta sekvensoimalla (GBS) ja edistyneitä tilastollisia malleja.

    Keskeiset tulokset:
    * Periytymisasteet vaihtelivat välillä 0,13 (ensimmäisen niiton sato) ja 0,86 (toisen niiton sulavuus).
    * Geneettiset korrelaatiot viittaavat ristiriitaan sadon ja talvehtimisen välillä, mutta sulavuusominaisuuksien välillä on positiivisia yhteyksiä.
    * Genomiset jalostusarvot arvioitiin edistyneillä tilastollisilla menetelmillä, mukaan lukien genomisen sukulaisuusmatriisin uusi skaalaus.
    * Ennustekyky oli parhaimmillaan 0,62 sulavuudelle, ja validointi vahvisti kohtuullisen tarkkuuden pienellä hajonnalla.

    Vaikka genotyyppien laadun pelättiin heikentävän ennusteita, tuloksemme osoittavat, että genominen ennustaminen on edelleen tehokas työkalu timotein jalostuksessa Suomessa. Tutkimus korostaa aineistoon perustuvien jalostusstrategioiden mahdollisuuksia nurmikasvien kestävyyden ja laadun parantamisessa.

    https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-025-04860-9

  • Bioinformatiikkaverkoston tapaaminen

    Bioinformatiikkaverkoston tapaaminen

    Kahtena viime päivänä Tampereella oli bioinformatiikkaverkoston tapaaminen. Valitettavasti kaikki eivät päässeet paikalle, mutta haluan uskoa, että tapaaminen oli erinomainen ja täynnä hyviä ideoita siitä, miten parannamme Luken bioinformaatikkojen vertaistukea ja järjestämme genomiaineistojen käsittelyn.